土壤污染主要可以分為無機(jī)污染物和有機(jī)污染物，無機(jī)污染物主要包括酸、堿、重金屬、鹽類等；有機(jī)污染物主要包括有機(jī)農(nóng)藥、酚類、氰化物、石油、合成洗滌劑等。微生物肥料修復(fù)土壤的基本原理是在適當(dāng)?shù)臈l件(水分、溫度、pH值等)下，肥料中的微生物菌群與土壤中原有的有益微生物共同形成優(yōu)勢菌群，促進(jìn)土壤生態(tài)系統(tǒng)中碳、氮、氧等元素的良性循環(huán)，從而修復(fù)土壤生態(tài)環(huán)境系統(tǒng)，使生態(tài)系統(tǒng)達(dá)到新的穩(wěn)定的平衡。
　　
　　其中，微生物肥料對無機(jī)污染物的修復(fù)機(jī)理是微生物肥料進(jìn)入土壤生態(tài)系統(tǒng)后，好氧菌、厭氧菌等微生物益生菌群，通過自身的生物反應(yīng)，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害；同時(shí)肥料中的微生物菌可以將重金屬固定，促使土壤中活性重金屬變?yōu)橛袡C(jī)結(jié)合態(tài)，形成過濾層和隔離層，降低作物對土壤中重金屬的吸收，從而避免土壤中重金屬等有害物質(zhì)或其分解產(chǎn)物通過“土壤-植物-人體”，或通過“土壤-水-人體”間接被人體吸收，損害身體健康。
　　
　　微生物肥料在對土壤中農(nóng)藥等有機(jī)污染物修復(fù)方面的作用是降低病蟲害的防治次數(shù)，降低農(nóng)藥的使用量，從而減少農(nóng)藥在作物中的殘留量。其一，微生物肥料能改變土壤耕作層微生物區(qū)系，在作物根系周圍形成優(yōu)勢菌落，從而強(qiáng)烈抑制病原菌繁殖，降低病蟲害發(fā)生次數(shù)；另一方面，微生物在其生命活動(dòng)過程中產(chǎn)生多種物質(zhì)，如激素類、腐植酸類以及抗生素類，這些物質(zhì)能刺激作物生長健壯，增強(qiáng)作物自身抗病害能力。

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