農藥是進入土壤的主要污染物之一，其類型有拌種農藥、毒餌農藥、土施除草劑和莖葉噴灑施農藥。農藥在土壤中會進行消解和殘留，影響消解的因素有農藥性質、溫度、光照、土壤水分、酸堿度、重金屬含量、有機質含量、質地、微生物區系等。
　　
　　農藥施用后在土壤中的殘留量為50%-60%，已經長期停用的六六六、滴滴涕目前在土壤中的可檢出率仍然很高。蔬菜對除草劑較其他農藥敏感，用量過大影響其發芽生長。
　　
　　蔬菜吸收土壤中殘留農藥與蔬菜品種及農藥性質有關。一般內吸式、水溶性農藥易被吸收；根菜、葉菜對農藥的吸收強，茄果類吸收弱。

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